2007年1月，重庆工商大学长江上游经济研究中心主任王崇举教授牵头成功申报了一项国家自然科学（主任）基金项目——设立国家综合配套改革试验区的理论研究与政策设计。该主任基金项目以国家综合配套改革试验区研究为主题，由南开大学课题组总协调，南开大学和重庆工商大学长江上游经济研究中心等八个单位各自独立承担一个项目。整个项目研究将系统地分析国家综合配套改革试验区的内涵、内容、动力机制、模式选择与评价指标体系等基本理论问题，着重探索国家综合配套改革试验区建设所涉及的一些关键内容——自由贸易港区的建设，现代金融服务体系构建特别是拓宽融资渠道，全国性、区域性多层次资本市场构建等问题，全面研究国家综合配套改革试验区与区域经济发展的内在关系，并从国家战略角度出发提出相应的政策建议。重庆工商大学长江上游经济研究中心课题组所承担的核心任务是国家综合配套改革试验区的模式选择和评价指标体系等基本理论问题。